休息日當天加班途中，因勞工個人因素請假，加班時數與加班費應核實計算，勞工未到時數可勞資協商解除出勤義務，其未出勤時數不計入加班時數上限；又休息日加班後，經勞資雙方協商，勞工可選補休，發生爭議時，雇主須負舉證責任。
根據《勞基法》規定，其中有關「休息日」加班規定，除前2小時休息日加班費每小時應發給1又1/3倍以上加班費，之後每小時應發給1又2/3倍以上加班費外，也明訂要「做1給4」，也就是休息日加班就算只工作2小時，雇主也應發給4小時工資；工作5小時，也要發給8小時工資，以此類推；同時休息日加班時數包含在每個月加班時數上限46小時之內。
勞動部5月3日發布的「勞動條3字第1060130987號」新函釋指出，如果勞工已經同意在休息日加班，卻臨時因為個人因素自始無法到工或是到工後未能依約定時數工作時段，應告知雇主，勞雇雙方可以協商解除休息日出勤義務，否則勞工就應該依照勞工請假規則等相關法令規定請假，例如事假、病假、喪假等。
又休息日是有薪假，當天工資都已計算在月薪內，不論勞工當日出勤狀況為何，都不影響該日工資，如果答應要加班、卻未能依約履行，當日已到工時段應先計算加班費，請假時段再按休息日加成後工資標準扣減，例如請事假要全額扣除，請病假要扣一半。
勞動部官員進一步解釋說，因勞工個人因素，無法到工或是到工後未能依約定時數工作時數提供勞務，其加班時數依實際到工時數計算，如原先約定休息日加班4小時，勞工實際僅提供勞務1小時，其加班費計算是僅給予給1小時、不須給予4小時，加班時數也是計算1小時、非4小時。
勞動部提醒，為避免勞資爭議，建議勞工同意於休息日出勤工作，如因個人因素未能提供勞務時處理方式，包括是否告知程序、是否須請假等，可以在團體協約、勞動契約或是工作規則中規定。
勞動部5月3日「勞動條2字第10601300937號」函釋中說明，休息日加班後如果以補休取代加班費，目前法律上確實未禁止，休息日加班給付加班費是雇主法定義務，但勞雇雙方可在不損及勞工權益及不影響雇主人力因素前提下，由勞資約定補休標準，但是雇主不可以有片面規定勞工於休息日加班後僅能選擇補休。
